昌吉州是新疆玉米、瓜菜的重要制种基地，面积大，产业化程度高，其中杂交玉米和西甜瓜制种在全国占有举足轻重的地位。

　　在基地建设方面，该州着力打造“标准化、规模化、专业化、机械化”玉米制种基地，采取企业+制种合作社合作+农户实现土地流转的方式，辐射带动制种规模。通过土地流转实现制种“规模化”，通过制种合作社实现制种“集约化”，通过农民培训实现制种“标准化”，通过应用“去雄机”实现制种全程“机械化”。

　　昌吉州不断加强种子生产管理、市场管理、质量管理、品种管理和服务工作。全面推进依法行政、公正执法、执法为民工作，构建了种子市场监管长效机制，坚持以质量监管为重点，规范市场准入。自2013年起组织各县(市)以“交叉执法”的形式，严厉打击制售假劣种子、经营未经审定种子、套牌侵权种子及虚假种子广告违法行为，全面清查种子生产经营企业资质，规范建立生产经营档案，切实维护了种子生产者、经营者、使用者、育种者的合法权益，为我州种子产业化发展创造了良好的法制环境和服务环境。